ویکیفەرھەنگ

پەڕگە:Coronavirus. SARS-CoV-2.png

پەڕگەی سەرەکی (٢٬٠٤٨ × ٢٬٠٤٨ پیکسڵ، قەبارەی پەڕگە: ٤٫٥٤ مێگابایت، جۆری ئێم ئای ئێم ئی: image/png)

ئەم پەڕگە لە Wikimedia Commonsەوەیە و لەوانەیە لە پڕۆژەکانی دیکەش بەکار ھاتبێت. پێناسەکەی لەسەر پەڕەی وەسفی پەڕگەکە لە خوارەوە نیشان دراوە.

کورتە

وەسف
Deutsch: Wissenschaftlich genaues Atommodell der äußeren Struktur des SARS Coronavirus 2 (SARS-CoV-2), einem Stamm (genetische Variante) des Coronavirus, der die Coronavirus-Krankheit (COVID-19) verursachte und erstmals im Dezember 2019 in Wuhan, China, identifiziert wurde.

Jeder einzelne Ort (amorpher Fleck) ist ein Atom von:

 
kobalt: Virushülle
 
purpurrot: Hüllproteine
 
grün: Matrixproteine
 
orange: Glucose (Glycane)
 
türkis: Spike-Proteine
English: Scientifically accurate atomic model of the external structure of the Severe Acute Respiratory Syndrome CoronaVirus 2 (SARS-CoV-2), a strain (genetic variant) of the coronavirus that caused coronavirus disease (COVID-19), first identified in Wuhan, China, during December 2019

Each separate locus (amorphous blob) is a molecule of:

 
cobalt: membrane
 
crimson: E protein
 
green: M protein
 
orange: glucose (glycan)
 
turquoise : S (spike) glycoprotein
Español: Modelo atómico de la estructura externa del SARS-CoV-2. Cada "bola" es un átomo.
Leyenda:
 
azul cobalto — membrana
 
turquesa — glicoproteína de pico (S)
 
carmesí — proteína E
 
verde — proteína M
 
naranja — glucosa
Русский: Научно достоверная атомарная модель внешней структуры коронавируса (SARS-CoV-2). Каждый "шарик" — атом. Опубликовано на N+1.

Научный консультант:
Никитин Н. А. (доктор биологических наук, специалист в области вирусологии)
Борисевич С.С. к.х.н специалист по молекулярному моделированию поверхностных вирусных белков, руководитель группы «Кванты и Динамика», (с.н.с. лаборатория химической физики УфИХ РАН)
Архипова В.И. (специалитет по направлению фундаментальная и прикладная химия. Лаборатория химии РНК, Институт химической биологии и фундаментальной медицины Сибирского отделения Российской академии наук).

  • В работе были использованы следующие структуры из открытых источников:

Protein Data Bank: 2mls, 6y3y, 5x29, 6yyt Charmm-gui: 6vsb_1_1_1_S309

  • Цветовое обозначение:
 
кобальт — мембрана.
 
бирюза — S-белок.
 
малиновый — E-белок.
 
зелёный — M-белок.
 
оранжевый — гликаны.
Проект был сделан в соответствии с научными источниками:
  1. Surya, W., Li, Y., Torres, J. Structural model of the SARS coronavirus E channel in LMPG micelles. // Biochim. Biophys. Acta - Biomembr. – 2018. – Vol. 1860. – N. 6. – P. 1309–1317.
  2. Koppisetti, R. K., Fulcher, Y. G., Jurkevich, A., Prior, S. H., Xu, J., Lenoir, M., Overduin, M., Van Doren, S. R. Ambidextrous binding of cell and membrane bilayers by soluble matrix metalloproteinase-12. // Nat. Commun. – 2014. – Vol. 5. – P. 1–14.
  3. Hillen, H. S., Kokic, G., Farnung, L., Dienemann, C., Tegunov, D., Cramer, P. Structure of replicating SARS-CoV-2 polymerase. // Nature. – 2020. – Vol. 584. – N. 7819. – P. 154–156.
  4. Harris, L. J., Larson, S. B., Hasel, K. W., McPherson, A. Refined structure of an intact IgG2a monoclonal antibody. // Biochemistry. – 1997. – Vol. 36. – N. 7. – P. 1581–1597.
  5. Noreng, S., Bharadwaj, A., Posert, R., Yoshioka, C., Baconguis, I. Structure of the human epithelial sodium channel by cryo-electron microscopy. // Elife. – 2018. – Vol. 7. – P. 1–23.
  6. Almond, A., DeAngelis, P. L., Blundell, C. D. Hyaluronan: The Local Solution Conformation Determined by NMR and Computer Modeling is Close to a Contracted Left-handed 4-Fold Helix. // J. Mol. Biol. – 2006. – Vol. 358. – N. 5. – P. 1256–1269.
  7. Hurdiss, D. L., Drulyte, I., Lang, Y., Shamorkina, T. M., Pronker, M. F., van Kuppeveld, F. J. M., Snijder, J., de Groot, R. J. Cryo-EM structure of coronavirus-HKU1 haemagglutinin esterase reveals architectural changes arising from prolonged circulation in humans. // Nat. Commun. – 2020. – Vol. 11. – N. 1. – P. 1–10.
  8. Yan, Renhong, Yuanyuan Zhang, Yaning Li, Lu Xia, Yingying Guo, Q. Z. Structural basis for the recognition of SARS-CoV-2 by full-length human ACE2. // Science (80-. ). – 2020. – Vol. 3. – N. 3. – P. 1–8.
  9. Javitt, G., Khmelnitsky, L., Albert, L., Bigman, L. S., Elad, N., Morgenstern, D., Ilani, T., Levy, Y., Diskin, R., Fass, D. Assembly Mechanism of Mucin and von Willebrand Factor Polymers. // Cell. – 2020. – Vol. 183. – N. 3. – P. 717-729.e16.
  10. Daniel Wrapp, Nianshuang Wang, Kizzmekia S. Corbett, Jory A. Goldsmith, Ching-Lin Hsieh, Olubukola Abiona, B. S. G., McLellan, and J. S. Cryo-EM structure of the 2019-nCoV spike in the prefusion conformation. // Science (80-. ). – 2020. – Vol. 21. – N. 1. – P. 1–9.
  11. Wang, M. Y., Zhao, R., Gao, L. J., Gao, X. F., Wang, D. P., Cao, J. M. SARS-CoV-2: Structure, Biology, and Structure-Based Therapeutics Development. // Front. Cell. Infect. Microbiol. – 2020. – Vol. 10. – N. November. – P. 1–17.
  12. Yao, H., Song, Y., Chen, Y., Wu, N., Xu, J., Sun, C., Zhang, J., Weng, T., Zhang, Z., Wu, Z., Cheng, L., Shi, D., Lu, X., Lei, J., Crispin, M., Shi, Y., Li, L., Li, S. Molecular Architecture of the SARS-CoV-2 Virus. // Cell. – 2020. – Vol. 183. – N. 3. – P. 730-738.e13.
  13. Oostra, M., de Haan, C. A. M., de Groot, R. J., Rottier, P. J. M. Glycosylation of the Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus Triple-Spanning Membrane Proteins 3a and M. // J. Virol. – 2006. – Vol. 80. – N. 5. – P. 2326–2336.
  14. B.W. Neuman, M. J. B. Supramolecular Architecture of the Coronavirus Particle. // Adv. Virus Res. – 2020. – Vol. 96. – P. 1–27.
  15. Neuman, B. W., Kiss, G., Kunding, A. H., Bhella, D., Baksh, M. F., Connelly, S., Droese, B., Klaus, J. P., Makino, S., Sawicki, S. G., Siddell, S. G., Stamou, D. G., Wilson, I. A., Kuhn, P., Buchmeier, M. J. A structural analysis of M protein in coronavirus assembly and morphology. // J. Struct. Biol. – 2011. – Vol. 174. – N. 1. – P. 11–22.
  16. Yu, A., Pak, A. J., He, P., Monje-Galvan, V., Casalino, L., Gaieb, Z., Dommer, A. C., Amaro, R. E., Voth, G. A. A multiscale coarse-grained model of the SARS-CoV-2 virion. // Biophys. J. – 2021. – Vol. 120. – N. 6. – P. 1097–1104.
  17. Yao, H., Song, Y., Chen, Y., Wu, N., Xu, J., Sun, C., Zhang, J., Weng, T., Zhang, Z., Wu, Z., Cheng, L., Shi, D., Lu, X., Lei, J., Crispin, M., Shi, Y., Li, L., Li, S. Molecular architecture of the SARS-CoV-2 virus. // Cell. – 2020. – Vol. 183. – N. 3. – P. 730–738.
  18. Choi, Y. K., Cao, Y., Frank, M., Woo, H., Park, S. J., Yeom, M. S., Croll, T. I., Seok, C., Im, W. Structure, Dynamics, Receptor Binding, and Antibody Binding of the Fully Glycosylated Full-Length SARS-CoV-2 Spike Protein in a Viral Membrane. // J. Chem. Theory Comput. – 2021. – Vol. 17. – N. 4. – P. 2479–2487.

Первичные источники:


Производные моделей протеинов созданы на базе моделей со свободной лицензией (freely available for both non-commercial and commercial use).
Українська: Атомарна модель зовнішньої структури коронавірусу SARS-CoV-2. Кожен «кулька» — атом.
ڕێکەوت
سەرچاوە

بەرھەمی خۆم. Scientific consultants:

Nikitin N.A., Doctor of Biological Sciences, Department of Virology, Faculty of Biology, Lomonosov Moscow State University.
Borisevich S.S. Candidate of Chemical Sciences, Specialist in Molecular Modeling of Viral Surface Proteins, Senior Researcher, Head of the "Quantum & Dynamics»,Laboratory of Chemical Physics, Ufa Institute of Chemistry RAS
Arkhipova V.I., specialization in Fundamental and Applied chemistry, senior engineer, RNA Chemistry Laboratory, Institute of chemical biology and fundamental medicine SB RAS
بەرھەمھێنەر Alexey Solodovnikov (Idea, Producer, CG, Editor), Valeria Arkhipova (Scientific Сonsultant)
ڕێپێدان
(بەکارھێنانەوەی ئەم پەڕگەیە)

Published by N+1 a popular science online publication of Russia (https://nplus1.ru/), protein models are derivative works of the

free license site (freely available for both non-commercial and commercial use)
وەشانەکانی تر
  • animation
  • Conditional motion SARV-CoV-2 (animation)

Sources

Primary sources:

The following structures from open sources were used in the work, Protein Data Bank (https://www.rcsb.org):

Additional sources:

  1. Surya, W., Li, Y., Torres, J. Structural model of the SARS coronavirus E channel in LMPG micelles // Biochim. Biophys. Acta - Biomembr. – 2018. – Vol. 1860. – N. 6. – P. 1309–1317.
  2. Koppisetti, R. K., Fulcher, Y. G., Jurkevich, A., Prior, S. H., Xu, J., Lenoir, M., Overduin, M., Van Doren, S. R. Ambidextrous binding of cell and membrane bilayers by soluble matrix metalloproteinase-12 // Nat. Commun. – 2014. – Vol. 5. – P. 1–14.
  3. Hillen, H. S., Kokic, G., Farnung, L., Dienemann, C., Tegunov, D., Cramer, P. Structure of replicating SARS-CoV-2 polymerase // Nature. – 2020. – Vol. 584. – N. 7819. – P. 154–156.
  4. Harris, L. J., Larson, S. B., Hasel, K. W., McPherson, A. Refined structure of an intact IgG2a monoclonal antibody // Biochemistry. – 1997. – Vol. 36. – N. 7. – P. 1581–1597.
  5. Noreng, S., Bharadwaj, A., Posert, R., Yoshioka, C., Baconguis, I. Structure of the human epithelial sodium channel by cryo-electron microscopy // Elife. – 2018. – Vol. 7. – P. 1–23.
  6. Almond, A., DeAngelis, P. L., Blundell, C. D. Hyaluronan: The Local Solution Conformation Determined by NMR and Computer Modeling is Close to a Contracted Left-handed 4-Fold Helix // J. Mol. Biol. – 2006. – Vol. 358. – N. 5. – P. 1256–1269.
  7. Hurdiss, D. L., Drulyte, I., Lang, Y., Shamorkina, T. M., Pronker, M. F., van Kuppeveld, F. J. M., Snijder, J., de Groot, R. J. Cryo-EM structure of coronavirus-HKU1 haemagglutinin esterase reveals architectural changes arising from prolonged circulation in humans // Nat. Commun. – 2020. – Vol. 11. – N. 1. – P. 1–10.
  8. Yan, Renhong, Yuanyuan Zhang, Yaning Li, Lu Xia, Yingying Guo, Q. Z. Structural basis for the recognition of SARS-CoV-2 by full-length human ACE2 // Science (80-. ). – 2020. – Vol. 3. – N. 3. – P. 1–8.
  9. Javitt, G., Khmelnitsky, L., Albert, L., Bigman, L. S., Elad, N., Morgenstern, D., Ilani, T., Levy, Y., Diskin, R., Fass, D. Assembly Mechanism of Mucin and von Willebrand Factor Polymers // Cell. – 2020. – Vol. 183. – N. 3. – P. 717-729.e16.
  10. Daniel Wrapp, Nianshuang Wang, Kizzmekia S. Corbett, Jory A. Goldsmith, Ching-Lin Hsieh, Olubukola Abiona, B. S. G., McLellan, and J. S. Cryo-EM structure of the 2019-nCoV spike in the prefusion conformation // Science (80-. ). – 2020. – Vol. 21. – N. 1. – P. 1–9.
  11. Wang, M. Y., Zhao, R., Gao, L. J., Gao, X. F., Wang, D. P., Cao, J. M. SARS-CoV-2: Structure, Biology, and Structure-Based Therapeutics Development // Front. Cell. Infect. Microbiol. – 2020. – Vol. 10. – N. November. – P. 1–17. (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33324574/)
  12. Yao, H., Song, Y., Chen, Y., Wu, N., Xu, J., Sun, C., Zhang, J., Weng, T., Zhang, Z., Wu, Z., Cheng, L., Shi, D., Lu, X., Lei, J., Crispin, M., Shi, Y., Li, L., Li, S. Molecular Architecture of the SARS-CoV-2 Virus // Cell. – 2020. – Vol. 183. – N. 3. – P. 730-738.e13.
  13. Oostra, M., de Haan, C. A. M., de Groot, R. J., Rottier, P. J. M. Glycosylation of the Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus Triple-Spanning Membrane Proteins 3a and M // J. Virol. – 2006. – Vol. 80. – N. 5. – P. 2326–2336. (https://europepmc.org/article/MED/16474139)
  14. B.W. Neuman, M. J. B. Supramolecular Architecture of the Coronavirus Particle // Adv. Virus Res. – 2020. – Vol. 96. – P. 1–27 (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7112365/, https://europepmc.org/article/PMC/1563832)
  15. Neuman, B. W., Kiss, G., Kunding, A. H., Bhella, D., Baksh, M. F., Connelly, S., Droese, B., Klaus, J. P., Makino, S., Sawicki, S. G., Siddell, S. G., Stamou, D. G., Wilson, I. A., Kuhn, P., Buchmeier, M. J. A structural analysis of M protein in coronavirus assembly and morphology // J. Struct. Biol. – 2011. – Vol. 174. – N. 1. – P. 11–22. (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4486061/)
  16. Yu, A., Pak, A. J., He, P., Monje-Galvan, V., Casalino, L., Gaieb, Z., Dommer, A. C., Amaro, R. E., Voth, G. A. A multiscale coarse-grained model of the SARS-CoV-2 virion // Biophys. J. – 2021. – Vol. 120. – N. 6. – P. 1097–1104 (https://europepmc.org/article/PMC/PMC7695975, https://search.bvsalud.org/global-literature-on-novel-coronavirus-2019-ncov/resource/en/covidwho-947143)
  17. Yao, H., Song, Y., Chen, Y., Wu, N., Xu, J., Sun, C., Zhang, J., Weng, T., Zhang, Z., Wu, Z., Cheng, L., Shi, D., Lu, X., Lei, J., Crispin, M., Shi, Y., Li, L., Li, S. Molecular architecture of the SARS-CoV-2 virus // Cell. – 2020. – Vol. 183. – N. 3. – P. 730–738 (https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867420311594)
  18. Choi, Y. K., Cao, Y., Frank, M., Woo, H., Park, S. J., Yeom, M. S., Croll, T. I., Seok, C., Im, W. Structure, Dynamics, Receptor Binding, and Antibody Binding of the Fully Glycosylated Full-Length SARS-CoV-2 Spike Protein in a Viral Membrane // J. Chem. Theory Comput. – 2021. – Vol. 17. – N. 4. – P. 2479–2487 (https://www.researchgate.net/publication/349986293_Structure_Dynamics_Receptor_Binding_and_Antibody_Binding_of_the_Fully_Glycosylated_Full-Length_SARS-CoV-2_Spike_Protein_in_a_Viral_Membrane)

مۆڵەتنامە

من، ھەڵگری مافی لەبەرگرتنەوەی ئەم بەرھەمە، لەژێر ئەم مۆڵەتنامەیەدا بڵاوی دەکەمەوە:
w:en:Creative Commons
دانەپاڵ بڵاوکردنەوەی گونجاو
This file is licensed under the Creative Commons Attribution-Share Alike 4.0 International license.
تۆ ئازادی:
  • بۆ بڵاکردنەوە – بۆ کۆپی کردن، دابەشکردن و دەستبەدەست ناردنی
  • بۆ تێکەڵکردنەوە – بۆ سازاندنی کارەکە
بەم مەرجانەی خوارەوە:
  • دانەپاڵ – پێویستە باوەڕی گونجاو بدەیت، بەستەرێک بۆ مۆڵەتەکە دابین بکەیت و ئاماژە بەوە بکەیت کە ئایا گۆڕانکاری کراوە یان نا. دەتوانیت بە هەر شێوەیەکی گونجاو ئەوە بکەیت، بەڵام بە شێوەیەک نا کە وا دەربکەوێت کە مۆڵەتدەر پشتگیری تۆ یان بەکارهێنانەکەت بکات.
  • بڵاوکردنەوەی گونجاو – ئەگەر لەسەر بنەمای ئەم کارە تێکەڵ، گۆڕان، یان ساز بکەی، پێویستە بەشدارییەکانت بە هەمان مۆڵەت یان هاوشێوەی مۆڵەتی ئەسڵی دابەش بکەی.

Assessment

وێنە of the year
وێنە of the year
وێنە of the day
وێنە of the day
Featured وێنە
Quality وێنە
Quality وێنە
Valued وێنە
Valued وێنە

ویکیمیدیا کۆمنز

ئەم وێنەیە a کۆتایی لە وێنەی گشتی جیھان ٢٠٢١.
ئەم وێنەیە وێنەی ئەمڕۆیە ئەمڕۆ ئاب 8, 2021.
ئەم وێنەیە ھەڵبژێردراو بوو لە ویکیمیدیا کۆمنز (Featured pictures) و ھەڵبژێردراوە بۆ ئەوەی ببێت بە باشترین وێنەکان.
ئەم وێنەیەکی باش دادەنرێت و بەوێنەیەکی باشە.
ئەم وێنەیە بەنرخە وا دادەنرێت کە شایەنێتی ببێت بە بە بەنرخ داندراوە.

ئەگەر وێنەیەکی ھاوشێوەت ھەبوو نموونە دەتواندرێت باربکرێت لەژێر مۆڵەتنامەی Commons:Licensing مۆڵەتنامەی گونجاو، ھەستە بە باری کە، و مافی بپارێزە، و بیپاڵێوە.

لێدوانەکان

Add a one-line explanation of what this file represents
Model of the coronavirus SARS-CoV-2

بەندەکانی لەم پەڕگەیەدا دەردەکەون

depicts ئینگلیزی

ڤایرۆسی کۆرۆنا ٢ پەیوەندیدار بە ھەناسەی سەخت و تیژ

source of file ئینگلیزی

original creation by uploader ئینگلیزی

دامەزران

٤ ئایاری 2021

media type ئینگلیزی

image/png

checksum ئینگلیزی

eb4db5448ad22fc4c229437fae4692de527c749d

determination method or standard ئینگلیزی: SHA-1

data size ئینگلیزی

٤٬٧٦٥٬٧٦٧ بایت

بەرزی

٢٬٠٤٨ پیکسڵ

width ئینگلیزی

٢٬٠٤٨ پیکسڵ

مێژووی پەڕگە

کرتە بکە لەسەر یەکێک لە ڕێکەوت/کاتەکان بۆ بینینی پەڕگەکە بەو شێوەی لەو کاتەدا بووە.

ڕێکەوت/کاتھێمائەندازەبەکارھێنەرتێبینی
هەنووکە٠١:١٧، ١٠ی کانوونی دووەمی ٢٠٢٢ھێما بۆ وەشانی ٠١:١٧، ١٠ی کانوونی دووەمی ٢٠٢٢٢٬٠٤٨ لە ٢٬٠٤٨ (٤٫٥٤ مێگابایت)Jul059Lossless file size reduction
٠٦:٥٨، ٢٤ی ئەیلوولی ٢٠٢١ھێما بۆ وەشانی ٠٦:٥٨، ٢٤ی ئەیلوولی ٢٠٢١٢٬٠٤٨ لە ٢٬٠٤٨ (٤٫٦ مێگابایت)Iketsilossless compression
١٩:٠٦، ١٥ی حوزەیرانی ٢٠٢١ھێما بۆ وەشانی ١٩:٠٦، ١٥ی حوزەیرانی ٢٠٢١٢٬٠٤٨ لە ٢٬٠٤٨ (٥٫٣٤ مێگابایت)AlexeySolodovnikovfix color bug
١٧:٢٨، ١٣ی حوزەیرانی ٢٠٢١ھێما بۆ وەشانی ١٧:٢٨، ١٣ی حوزەیرانی ٢٠٢١٢٬٠٤٨ لە ٢٬٠٤٨ (٥٫٣٤ مێگابایت)AlexeySolodovnikovМы обновили модель. В роли нашего научного консультанта выступил доктор биологических наук, специалист в области вирусологии, Никитин Н. А. и к.х.н специалист по молекулярному моделированию поверхностных вирусных белков Борисевич С.С. Под их руководством в модель были внесены следующие правки: Изменено количество S-белков с 90 до 38, количество M-белков было увеличено до 1000, а E-белков, как минорных компонентов мембраны, снижено до 15, HE-белок удалён. Также была принята во внимание шарни...
١٤:٠٦، ١٧ی ئایاری ٢٠٢١ھێما بۆ وەشانی ١٤:٠٦، ١٧ی ئایاری ٢٠٢١٢٬٠٤٨ لە ٢٬٠٤٨ (١٦٫٠٤ مێگابایت)AlexeySolodovnikovadd alpha
٢١:٤١، ٤ی ئایاری ٢٠٢١ھێما بۆ وەشانی ٢١:٤١، ٤ی ئایاری ٢٠٢١٢٬٠٤٨ لە ٢٬٠٤٨ (١٦٫٠٤ مێگابایت)AlexeySolodovnikovUploaded own work with UploadWizard

ئەم پەڕەیە ئەم پەڕگەیە بەکار دەھێنێت:

بەکارھێنانی سەرانسەریی پەڕگە

ئەم ویکیانەی دیکەی خوارەوەش ئەم پەڕگە بەکاردێنن:

بینینی بەکارھێنانی گشتی زیاتری ئەم پەڕگەیە.

وەرگیراو لە «https://ckb.wiktionary.org/wiki/پەڕگە:Coronavirus._SARS-CoV-2.png»